本实用新型公开了一种微流控样品处理设备，其能够实现对微流控样品的自动处理。一种微流控样品处理设备，包括：托盘装置，其用于容置试剂及安装有微流控芯片的芯片夹具；机械臂，其具有用于装载所述芯片夹具中的枪头，所述枪头中开设有用于连通所述芯片夹具内腔的气流通道；负压吸液装置，其用于为所述枪头的所述气流通道提供气压；升降装置，其用于驱动所述枪头升降以装载所述芯片夹具或使所述芯片夹具插入或脱离所述试剂；及平移装置，其用于驱动所述枪头移动至所述芯片夹具上方或移动至所述试剂上方；其中，所述托盘装置位于所述机械臂的下方，所述机械臂设置于所述平移装置上并和所述升降装置连接。