本实用新型公开了一种水稻种子发芽装置，所述水稻种子发芽装置包括从下到上渐开的上盆、从下到上渐开的下盆、换热管和土壤层，土壤层位于上盆盆底的下表面与下盆盆底的上表面之间，上盆与下盆之间围成空腔，上盆的外壁上开有凹槽圈，该凹槽圈的相邻两圈凹槽之间通过容纳孔连通，凹槽圈上方设置有入口，下方设置有出口，换热管安装在凹槽圈的凹槽内，下盆的盆壁上分别开有上换热管进出孔和下换热管进出孔。本实用新型充分考虑了发芽育种的每一阶段，发芽率高，同时提高了发芽质量。