本实用新型公开了淡水养殖除菌设备，包括外壳、叶轮、排污管和出水管，所述外壳的内部安装有叶轮，所述外壳的左端安装有进水管，所述进水管的内段安装有垂直分布的第一锥齿，所述外壳的内部转动安装有竖轴和竖杆，且竖轴和竖杆分别对称分布在转轴的两侧，所述竖杆通过第二皮带轮机构和转轴相连接，且竖杆的底端设置有横杆，所述横杆的一端位于进水管内部，且其左端头处安装有清理杆，并且清理杆的内表面和进水管内部的滤网相贴合。该淡水养殖除菌设备，通过对内部机械结构的重新设计，确保了抽吸角度能够实时循环转动，从而提高除菌效率，并且在滤网表面设置了相应的污泥刮除机构，设计更加合理，使用十分方便。