本实用新型公开一种自主采集肠道微生态样本的装置，包括从外到内依次设置的外部盒体、主盒体和内部盒体，外部盒体底部与坐便器连接，主盒体可相对外部盒体上下滑动，内部盒体的底部与外部盒体底面固定连接、顶部穿过主盒体的底面后伸入其内部，在主盒体顶部连接密封盖，在主盒体上方设有封口薄膜，在主盒体顶部通过滑动杆连接一根棉签，在内部盒体内部的样本承接面底部设有电连接的重力传感器和报警器，在主盒体外壁上设有与内部盒体内部连通的甘油导入装置。该装置的结构简单，可操作性强，利用该装置取得的肠道微生态样本与外部空气的接触时间少，无需经过便盆等外部工具过渡，尽可能减少了样本受到污染的可能性，保证样本微生态结构不失真。