本实用新型属于生物技术领域，具体涉及一种高通量核酸提取系统。本实用新型提供的高通量核酸提取系统，包括操作仓、机械手、磁棒、磁套、反应装置、提取装置、液体分配装置、样品扫码装置和控制装置，机械手包括至少两个可三维运动的第三轴，提取装置可活动地设置在一个第三轴上，包括用于固定磁棒的第一装载组件和用于固定磁套的第二装载组件，以分别使磁棒伸入磁套或由磁套移出及使磁套伸入反应装置或由反应装置移出；液体分配装置可活动地设置在另一个第三轴上，包括至少两个分配针，以分别在伸入反应装置或从反应装置移走的两种状态切换。机械手在控制装置作用下，运行精度高，稳定性好，同时样品扫码装置对样品自动化识别，提高了核酸提取效率。