本实用新型公开了一种高通量全自动核酸检测系统，包括：带排放过滤功能的仪器腔体，及分别设置于仪器腔体内的检测芯片、样本模块、试剂模块、温控模块、吸头架、反应模块、移液模块、封口模块、进出仓装置、检测模块和监控模块；反应模块用于放置加有待测样本的孔板；试剂模块上放置有用于从待测样本中纯化核酸的核酸提取试剂和配合检测芯片的配套试剂；检测芯片设置于转盘上；封口模块采用紫外光固化密封胶；通过移液模块作用，将提取样本核酸、加入反应体系到检测芯片、给检测芯片的进样口点胶封口、在检测芯片上扩增核酸和检测等各个环节整合在一个对外排放相对安全的仪器腔体内，实现核酸的全集成、全自动的检测，同时也降低了操作的风险。