本实用新型公开了医疗废物粉碎灭菌柜中的主轴密封结构，主轴通过轴承及轴承座相配合而活动支承于柜体的两个相对侧板之间，在主轴的两侧轴端分设有伸入同侧轴承座的轴套，在每个轴套的内壁上分设有第一密封槽，在每个第一密封槽内分别设有第一密封圈，在每个轴承座的内壁上分别沿轴向设有第二密封槽及第三密封槽，每个第二密封槽内分设有第二密封圈，第二密封圈与第二密封槽之间形成空腔，在每个轴承座中分设有连通对应空腔及气源的充气通道，第二密封圈在注入空腔的气体的作用下密封轴承座与轴套之间间隙，在每个第三密封槽内分别设置有若干轴向叠层在一起且用以密封对应轴承座与对应轴套之间间隙的骨架油封。本实用新型具有密封效果好的优点。