本实用新型公布了一种牛舍粪便处理系统，它包括机体和工业电热风机，机体从上至下依次包括进料斗、烘干室、研磨室和储存室；烘干室的侧面设置有多个通风罩，通风罩与工业电热风机的通风口之间通过管道连接，烘干室的底部设置有第一螺旋给料器，研磨室的上端设置有研磨装置，第一螺旋给料器的出料端位于研磨装置的正上方，研磨室的底部设置有第二螺旋给料器，储存室内设置有可从机体侧面抽出的储料盒。本实用新型能够实现粪尿分离，能够将干燥后的粪便进行绞碎、研磨和储存，得到的干燥粉末状牛粪可与其他有机肥参合制成生物复合肥料。