本实用新型公开了一种应用医疗器械的等离子体杀菌装置，涉及医疗器械技术领域。包括杀菌箱，杀菌箱内固定连接有回转轨道，回转轨道的两侧均设有通过活动轴和杀菌箱内壁活动连接的第一拨动轮和第二拨动轮，回转轨道的顶部和底部均开设有和第一拨动轮和第二拨动轮适配的通槽，回转轨道的上方和下方分别设有固定连接于杀菌箱顶部和底部的第一输入管和第二输入管。通过设置回转轨道，结合第一拨动轮和第二拨动轮，第一拨动轮和第二拨动轮的底部和顶部分别插入回转轨道内并和回转轨道内的管体搭接，并将第一输入管和第二输入管内通等离子杀菌物料并由喷头喷出，提高杀菌清洗效率，避免注射器滑落划伤，利于全方位高强度清洗注射器针管。