本实用新型属于燃料电池控制技术领域，具体涉及一种车用燃料电堆控制系统。其包括燃料电堆系统和燃料电池控制器，所述燃料电堆系统包括电堆本体、传感器和执行器，所述燃料电池控制器包括微处理器、气体处理单元、故障处理单元、寿命预测单元、热管理单元和功率管理单元。本实用新型提供了一种车用燃料电堆的控制系统，能够对燃料电池进行系统的控制及保护，同时功率管理及故障处理单元结合了整车控制相关的基础，能够更大程度上便于燃料电池系统的车用化；新增的寿命预测功能能够为燃料电池系统提供一个可用于后期评估及优化的数据库，便于后期燃料电池的系统的优化及升级，方便用户及时更换以便使用。