本实用新型提供一种拉曼光谱法生物分子测序系统，包括纳米孔装置、激光拉曼显微镜、光谱测量装置和数据采集分析装置，纳米孔装置位于激光拉曼显微镜下方；纳米孔装置主要包括纳米孔腔、纳米孔；纳米孔是纳米孔腔的一端开口，纳米孔腔呈缩小腔体向纳米孔延伸；光栅，光栅围绕纳米孔腔；金属层，以缩小纳米孔尺寸至1～100nm；待测生物分子通过纳米孔时，激光拉曼显微镜向生物分子发射激光，产生拉曼光谱信号，光谱测量装置测量出数据，数据采集分析装置分析输出结果。本实用新型使用表面增强拉曼光谱的检测策略，具有技术效果可实现亚纳米空间分辨率的检测；提供分子特异性指纹信息的振动光谱，各碱基光谱信号不重叠，具有优异的区分度和化学灵敏度。