本实用新型提供了一种承载系统和测序装置，该承载系统包括基座，具有用于承载反应器的承载面；温控装置，包括制冷器和导热板，在承载面承载有反应器的情况下，制冷器通过导热板与反应器连接；以及连接组件，包括支撑座、第一定位结构和第二定位结构，支撑座与导热板和基座相连接，支撑座包括第一侧和与第一侧相对的第二侧，第一侧设有第一定位结构，第二侧设有第二定位结构；导热板设有分别能够与第一定位结构配合的第一孔以及与第二定位结构配合的第二孔，第一孔为腰孔。通过将导热板上的第一孔设置为腰孔，使得导热板在温度明显升降的状况下能够具有更高的形变容忍度，避免定位结构无法定位。