本实用新型公开了一种水底土壤采样装置，包括采样筒、外壳、滤水箱和PLC，所述采样筒顶部外侧通过焊接固定连接有滤水箱，所述滤水箱底部一侧通过螺栓固定连接有潜水泵，所述潜水泵出水口一端通管接头固定连接有单向电磁阀，所述滤水箱远离采样筒一侧通过焊接固定连接有外壳，所述外壳内部放置有样品箱，本实用新型通过设置的滤水箱与潜水泵，实现了在水底土壤采样过程中，通过滤水箱上的过滤孔将样品土壤中的水分进行过滤，防止样品土壤中含水率过高造成样品被冲散，同时通过样品自动传送带上的挡板裙带依次输送到样品箱的进料口处，样品采集完成后通过关闭样品箱的自动门使得样品妥善保存，提高样品采集成功率。