本实用新型公开了一种全自动微生物发酵装置，包括发酵机构、进料机构和进出气管，所述发酵机构包括壳体，所述壳体的上表面中心处固定连接有电机底板，所述电机底板的上表面固定连接有电机，所述电机的驱动轴表面固定连接有搅拌轴，所述搅拌轴的表面分布固定连接螺旋搅拌桨和密封轴承，且密封轴承的外环面与壳体的上表面中心处开设的通孔内壁固定连接。该全自动微生物发酵装置，通过设置进料电磁阀和流量计，便于自动注料和按量进料，通过设置进出气管、气泵和出气电磁阀，便于控制内部的氧气含量，通过设置加热丝和PLC控制柜，便于程序控制发酵的过程，提升该微生物发酵装置自动化程度，加快发酵过程，提高工作效率。