本实用新型公开了一种电动搅拌式线虫分离筛，包括筛网本体，所述筛网本体内上部设有搅拌器和固定搅拌器的固定架，所述搅拌器配置有驱动其转动的电机，所述电机与所述搅拌器通过软传动轴穿过所述筛网本体连接；所述固定架可拆卸设置在所述筛网本体上；所述固定架由四个连接杆交叉设置组成，且相邻连接杆的夹角为直角；所述筛网本体与所述软传动轴通过密封圈密封设置。本实用新型通过电机带动软传动轴转动，软传动轴带动搅拌器转动，加快漏水速度防止溢水，杜绝线虫样品丢失，增加收集数量；并且不用关闭水流，增加分离效率。本实用新型有利于推广应用。