本实用新型提供一种电气化高速铁路线路高次谐波滤除系统，包括：测量器，于测量电网的电流、电压以及功率，所述电网上运行有预设负载；指令电流运算电路，所述指令电流运算电路的第一输入端与所述测量器的输出端相连；电流跟踪控制电路，所述电流跟踪控制电路的输入端与所述指令电流运算电路的控制信号输出端相连；驱动电路，所述驱动电路的输入端与所述电流跟踪控制电路的输出端相连；变流器，所述变流器的第一端与所述电网的第一相线相连，所述变流器的第二端与所述电网的第二相线相连，所述变流器的控制开关的控制端与所述驱动电路的输出端相连，滤除了电网中的谐波和无功电流，使得电网侧只含有基波有功分量，保证了铁路系统安全可靠运行。