本实用新型涉及环境监测辅助设备，具体涉及一种柱状底泥采样器。包括中空的内筒和套装在内筒外的中空的外套筒；竖放时，所述内筒的顶部密封，中下部的一侧设有内筒开口；所述外套筒的顶部敞口并设有可拆卸的顶盖，中下部的一侧设有外套筒开口；所述顶盖上开有通孔；还包括手柄；所述手柄的一端为连接端，所述连接端可向下穿过顶盖上的通孔并与内筒的顶部可拆卸连接；所述手柄的另一端为手持端，所述手持端的尺寸大于通孔的尺寸以确保内筒不会从外套筒中脱落；所述内筒和外套筒可围绕共同中心轴相对旋转以实现内筒开口的敞开或封闭。该柱状底泥采样器结构简单、成本低廉、操作简单、携带方便、采样效率高且不会破坏底泥的分层结构。