本实用新型公开一种高真空密封结构，包括腔体和通过密封件安装于腔体上的导向轴，密封件包括固定于腔体上的固定件和Y型密封圈，导向轴穿过固定件和Y型密封圈插入腔体内，Y型密封圈包括竖直段和两个倾斜段，竖直段的上端面且位于两个倾斜段之间为一过渡平面，倾斜段具有依次连接的第一面、第二面、第三面和第四面，两个倾斜段的第二面平行于过渡平面，第一面、第三面和第四面分别为斜面，第一面与过渡平面连接，第四面与竖直段的侧面连接。本实用新型中的过渡平面可以提高Y型密封圈的受力强度，而第一面、第三面和第四面分别为斜面，当Y型密封圈变形时，可以增加其与固定件之间的贴合面积，从而提高高真空环境下的密封效果。