本实用新型涉及一种植物根系分泌物收集装置，其包括：用于容置植物根系的容置空间，容置空间至少包括用于接种目标微生物的第一容置空间和用于收集植物根系分泌物的第二容置空间；输液系统，包括用于储存营养液的储液池、用于运输营养液的输送装置，和用于为输送装置提供动力的动力装置，输送装置连接储液池和动力装置，以将储液池中的营养液输送给容置在容置空间内的植物根系；收集系统，包括用于吸附植物根系分泌物的活性炭片、用于避免外界微生物污染的尼龙滤膜；该植物根系分泌物收集装置能在植物不同生长时间和根系不同部位上收集根系分泌物，并能避免植物根系和外界微生物直接接触，能更有效的探究目标微生物作用的植物根系分泌物变化规律。