本发明公开了一种植物根系分泌物原位收集装置及采用其进行植物根系分泌物收集的方法，其中收集装置包括植物罩、盖板、种植箱、收集管、回水系统，种植箱、收集管和回水系统依次连通并由回水系统再连通至种植箱；植物罩上设有温湿度控制单元和光照控制单元；盖板上设有与种植箱连通的第一开口、第二开口、茎孔，茎孔处设有可活动的密封件；种植箱底部设有第三开口，种植箱壁上设有温控装置；回水系统包括第一管路和蠕动泵；收集管第一端与第三开口连通，收集管第二端与第一开口连通，收集管外设有温控箱，收集管内设有吸附物质，收集管呈螺旋状结构。采用该收集装置进行植物根系分泌物收集的方法可精准实时地测定植物根系分泌物的含量和种类。