本发明公开了一种湿生植物根系分泌物原位收集装置及其收集方法，收集装置包括顶部具有开口的收集盒和与收集盒匹配的收集盖，收集盖与收集盒可拆卸密封连接；收集盒内部填充有用于培养植物的根系培养基；收集盒设置有供植物根系穿过的第一通道；收集盒的内底面为倾斜面，收集盒头端内底面的高度高于收集盒尾端内底面的高度；收集盖上密封设置有进样针管和出样针管；在收集盒和收集盖上分别设置有安装槽和榫头，使得收集盖可以采用抽拉式打开或者关闭，方便根系和培养基放入与取出，减少实验过程对根系损伤；且在安装槽和榫头之间设置有密封圈，安装槽关闭后使得收集盒与外界隔离，密封效果好，很好的防止了外部溶液的进入，适用于湿生环境。