本实用新型公开了一种防水电子真空泵的密封结构，包括电子真空泵，所述电子真空泵具有电机、安装支架、上盖板、下盖板、定子、转子、叶片和消音罩总成，所述安装支架上设置有抽气管、进气孔、轴承安装孔、轴承、排气孔和排气管，所述安装支架的顶面还开设有密封槽，所述密封槽中卡嵌有密封件，本实用新型的有益效果在于：采用三道一体式的密封件，有效的保证了电子真空泵内部的水密封性，通过外圈与内圈的配合，避免了反吸产生的进水现象，解决了水从轴承安装孔进入电机内部损坏电路板元器件的问题，中圈与内圈、外圈的一体式设计，避免在装配过程滑动移位或掉落，提高了装配的效率及密封性能。