本申请提供了一种用于全自动液体处理工作站的PCR热盖控制机构，所述的控制机构包括底板、设于底板上的沿X方向设置的两条相互平行设置的直线模组、两端部分别安装在所述的直线模组上的龙门横梁，所述的龙门横梁在直线模组的驱动下能够沿直线模组移动，所述的龙门横梁安装有热盖，所述的底板上还设置有一升降装置，所述的升降装置包括一升降台，所述的升降台包括一能够上下移动的升降台面，所述的升降台面上安装有热孵育模块，所述的热孵育模块上设置有PCR微孔板，所述的热盖能够在直线模组的驱动下移动至所述的PCR微孔板上侧，与所述的PCR微孔板中心对齐。