本实用新型公开了一种畜牧运输车烘干消毒系统，其包括加热系统、送风管道、烘干消毒车间、控制柜和旋转出风装置；旋转出风装置包括：出风管道，其一侧与送风管道的一侧铰接；驱动部件；旋转臂，其由驱动部件驱动并可绕其一端转动；导向组件，其固定至出风管道，且在旋转臂转动时导向组件沿旋转臂导向；检测部件，其至少包括第一检测部件和第二检测部件，在出风管道的进风口与送风管道的出风口对准时出风管道的出风口与车厢内部对准；在控制柜接收到第一检测部件的反馈信号时，控制加热系统输热气。本实用新型用于解决传统烘干房所带来的杀菌不彻底的问题，实现彻底烘干消毒，且提高烘干消毒效率。