本实用新型公开了一种畜牧运输车烘干消毒系统，包括：烘干消毒车间，其用于容纳畜牧运输车；控制柜；若干个热风机，其包括送风口和回风口，送风口连接伸入烘干消毒车间内的送风管道，回风口连接回风管道，回风管道的入风口设置在烘干消毒车间的顶部；若干热交换机，各热交换机具有热气吸入口、湿气排出口和热气排出口，热气吸入口和热气排出口位于烘干消毒车间内，湿气排出口位于烘干消毒车间外；风机组件，其具有若干个风机，各风机对准畜牧运输车的车厢内部；各热风机、各热交换机及各风机分别与控制柜通信连接。本实用新型用于解决传统烘干房所带来的杀菌不彻底的问题，实现彻底烘干消毒，且提高烘干消毒效率。