本实用新型公开了一种水中病原微生物分离提取装置，包括过滤装置，所述过滤装置内从上至下等距倾斜固定连接有第一过滤网、第二过滤网和第三过滤网，且第一过滤网、第二过滤网和第三过滤网右端朝下，所述过滤装置的右侧且均在第一过滤网、第二过滤网和第三过滤网的上端开设有废物流出口，所述过滤装置在第一过滤网的上端连通有第一进水管，所述第一进水管远离过滤装置的一端连接有第一抽水泵，所述第一抽水泵的输入端连接有第二进水管。本实用新型通过设置破碎装置以及过滤装置，避免体积较大的废物堵塞第一抽水泵，并将废物分别截留在第一过滤网、第二过滤网和第三过滤网的上端，废水杂质较小，避免影响后期废水微生物菌类试验。