本实用新型公开了一种水中病原微生物分离提取装置，包括传动箱、分离罐和提取罐，所述分离罐和提取罐的外表面均固定连接有底座，所述分离罐的内部设置有分离机构，所述提取罐的底部设置有提取机构，提取机构中包括提取箱、真空箱和吸气箱，提取箱的顶部与提取罐的底部固定连接，真空箱的顶部连通有真空管，真空管的一端与提取箱的底部连通，本实用新型涉及微生物技术领域。该水中病原微生物分离提取装置，通过设置有提取机构，利用吸气机的动力，配合提取箱、真空箱、吸气箱、真空管和吸风管，不仅能够保持病原微生物不被人体接触，同时能够和水中的其他污染物分开，便于工作人员的研究，且不会影响到水质的污染。