本申请实施例提供一种电堆处理装置及具有其的燃料电池电堆组装系统，该电堆处理装置包括治具输送部，上设置有承载治具并带动治具移动的第一输送机构和驱动治具脱离第一输送机构并运动到加工位置的第二输送机构，加工位置至少包括打码位置和/或扫码位置，治具上承载有待处理电堆；还包括打码部和/或扫码部；打码部对应于打码位置设置，包括打码器和打码调整机构，打码器相对待处理电堆在水平方向可移动地设置在打码调整机构的支撑端上，且在打码调整机构的驱动下相对待处理电堆沿竖直方向运动，以在待处理电堆上加工出机器可读码；扫码部对应于扫码位置设置，且包括用于扫描待处理电堆上的机器可读码的扫码器。该装置可以提升电堆的生产效率。