本申请提供一种谱图的相位校正方法、装置及设备。其中，谱图的相位校正方法包括：获取待校正的谱图；将至少一个目标矩形窗函数作用于谱图，以得到至少一个目标谱峰，上述目标矩形窗函数用于从谱图中选择出目标谱峰；基于至少一个目标谱峰进行校正处理，以得到谱图中每个频率点对应的零阶相位偏差值和一阶相位偏差值；利用每个频率点对应的零阶相位偏差值和一阶相位偏差值，对每个频率点进行相位校正，得到校正后的谱图。本实施例，通过将至少一个目标矩形窗函数作用于谱图，以得到至少一个目标谱峰，并基于至少一个目标谱峰进行校正处理，以去掉背景噪声和基线的影响，保证后续校正过程的准确性，从而提高谱图相位的校正效果。