本发明公开了一种抑制变色的生物基聚酯制备方法，涉及聚酯制备技术领域，包括以下制备步骤：1）将对呋喃二甲酸、高反应活性二元醇、催化剂和热稳定剂置于190‑200℃下进行酯化反应得到酯化物A；2）将呋喃二甲酯化物、低反应活性二元醇、催化剂和热稳定剂置于在220‑230℃下进行一阶段酯交换反应，制备得到酯化物B；3）将酯化物A和酯化物B混合进行二阶段酯交换反应；4）将二阶段酯交换反应产物进行一阶段缩聚反应，待无白色液体抽出时，抽高真空，进行二阶段缩聚反应，制备得到生物基聚酯，本发明制备得到的生物基聚酯色相良好，工艺方法简单易行，热力学性能优良，利于工业化生产，可广泛应用于包装、纤维等领域应用。