本发明提供一种生物基聚酯纤维及其制备方法、抗菌性能测试方法，包括如下步骤：将生物基羰基化合物与二胺化合物进行席夫碱反应，得到二元醇单体；将所述二元醇单体与生物基二元酸进行聚酯合成，制得生物基聚酯；将所述生物基聚酯进行缩聚反应，以得到所述生物基聚酯纤维。本发明的所述生物基聚酯纤维的制备方法的中的所述生物基羰基化合物、所述二胺化合物及所述生物基二元酸等均可以通过生物质资源大量、经济、有效地制备得到，是环保可再生的生物基原料，在纺织纤维领域，可替代石油的使用，充分利用可再生生物质资源，具有极大的经济价值和社会效应。