本申请公开了一种聚酯、抗菌聚酯纤维、以及他们的制备方法，通过共聚改性单体的方式，使聚酯分子链侧链引入极性短链，可以使抗菌剂通过离子键或化学键的强结合方式接到纤维表面，大幅提高纤维抗菌性能的同时，提高了抗菌剂的利用效率，保持了纤维的力学性能以及手感。与表面涂覆的方式相比，提高了纤维抗菌性能持久性的同时，减少了整理剂的使用，与辐照接枝或表面刻蚀的方式相比，避免了辐照接枝或表面刻蚀对纤维结构与性能的破坏。本申请无需额外增加生产流程即可获得抗菌聚酯纤维，具有生产流程简单、成本低的特点。