本发明公开了一种生物基聚酯、生物基聚酯膜及其制备方法与应用。所述生物基聚酯的制备方法包括：先使生物基二元酸或其酯化物、选择性添加或不添加的第二种二元酸或其酯化物、二元醇、作为第一催化剂的二维材料及第二催化剂反应，获得第一中间产物；再使其与稳定剂反应，获得生物基聚酯。本发明在制备生物基聚酯的过程中加入了二维材料MXene，其不仅起到了高活性催化剂的作用，得到了含有较低副产物链节的生物基聚酯产品，还可以作为高效成核剂显著提升呋喃基聚酯原本较慢的结晶速率；并且呋喃基聚酯拥有绿色可持续的生物基来源、更高的耐热性能、更优异的气体阻隔性能和力学性能，可替代石油基聚酯应用于工程塑料、包装材料等领域。