本发明提供一种磁导航系统及其控制方法、控制器、计算机可读存储介质。磁导航系统用于自动导引机器人由当前位置移动至目标位置，其包括磁条、机器人和控制器。磁条设置于当前位置和目标位置之间；并排设置在所述机器人底部的若干个磁感应装置；控制器能根据若干个所述磁感应装置检测到的磁条位置信息，控制机器人旋转调整机器人的圆周定位方向，并沿磁条的方向朝目标位置移动。本发明的磁导航系统能实现机器人的自动移动，只需要在当前位置和目标位置之间铺设磁条即可，摈弃了根据新路线的编程环节，控制方法简便易行，且降低了成本。