本公开提供了一种二级摆动型塔式吊车系统跟踪控制方法及系统，涉及塔式吊车控制技术领域，获取二级摆动型塔式吊车系统悬臂和台车当前的位置和旋转角度；根据悬臂和台车当前位置和旋转角度和二级摆动型塔式吊车系统的动力方程，得到负载和吊钩的扰动效应指标；当扰动效应指标大于预设阈值时，根据扰动量估计值和预设跟踪控制模型共同进行悬臂和台车的暂态控制；否则，根据预设跟踪控制模型进行悬臂和台车的暂态控制；本公开保证了精确的台车和悬臂跟踪控制性能，还保证了快速的吊钩和负载摆动的抑制与消除，同时根据引入的干扰效应指标，判定所设计的鲁棒跟踪控制方法是消除还是保留扰动，有效的改善了系统的暂态控制性能。