本发明公开了一种快速优化中药组方的方法及抗耐药结核应用。抗耐药结核组方的优化方法包括如下步骤：对现有结核方剂及其组成单药分别进行醇提取得到方剂醇提取物和单药醇提取物；对方剂醇和单药醇提取物分别进行结核菌的抑菌效果检测，得到现有结核方剂及其单药的最小抑菌浓度；选择满足以下任意条件的如下单药进行复配，即得到优化结核组方：最小抑菌浓度≤500且无毒性的单药；最小抑菌浓度＞500且入肺经无毒性的单药；扩大优化结核组方的耐药菌检测，得到相对于现有结核方剂具有明显抑菌效果的改良组方即为抗耐药结核组方，所得抗耐药结核组方对结核菌特别是耐药性结核菌抑菌效果显著，能够有效用于治疗肺结核尤其是耐药性肺结核等症，且安全无毒副作用。