本发明涉及PCB技术领域，公开了一种背钻钻深监测方法及系统、存储介质。所述背钻钻深监测方法包括：在背钻加工过程中，记录每个孔的生产数据；所述生产数据包括：钻孔时间、孔序、X轴坐标、Y轴坐标、Z值、理论钻深量、轴号和/或报警信息，所述Z值为当前孔的加工过程中钻刀尖接触到铝片瞬间钻机主轴高度值；对连续加工的多个孔的生产数据进行数据分析，将其中Z值产生突变的生产数据认定为可疑孔数据。本发明实施例可以直接通过分析后台记录数据，以Z值是否产生突变为依据识别出钻深异常的可疑孔，实现了非破坏性监测，具有成本低、监测效率高和准确率高的优点，且覆盖所有背钻工艺生产板，不必通过电测流程就能够及时发现钻深异常。