本发明提供了一种对类似SARS冠状病毒溯源和评估致病力的方法及装置。本发明属于生物信息技术领域，针对类似SARS冠状病毒的发育分析中需要使用包含数千个碱基的基因或者病毒全基因组的现状，提供了一种基于大约400个碱基核酸片段的解决方案，更为简便快速。本发明在类似SARS冠状病毒基因组中变化最频繁的区域之一，以2个不易变异的稳定核酸序列定位，获得二者之间的大约400个碱基的变异核酸序列；基于该变异核酸序列的发育分析可以区分不同的类似SARS冠状病毒，并且对于其中的致病病毒的溯源符合当前科学研究的认识；基于该变异核酸序列的变异可以对野生动物携带的类似SARS冠状病毒进行分类，该分类与致病病毒存在关联，根据野生动物携带病毒的变异核酸序列与致病病毒的变异核酸序列的相似性，可以对于野生动物携带病毒的致病性做出评估。