本发明属于生物材料领域，具体提供了一种具有核壳结构的纳米硒/介孔二氧化硅及其制备方法与应用。首先将硒纳米粒子分散在水溶液中，加入无水乙醇、十六烷基三甲基溴化铵和氨水混合均匀，缓慢滴入正硅酸乙酯，反应后得微红色沉淀，经离心、洗涤、抽滤和干燥，再采用抽提法去除CTAB制得具有核壳结构的纳米硒/介孔二氧化硅样品。本发明制备方法简单，容易操作，该核壳结构以硒纳米粒子为核，介孔二氧化硅为壳，具备元素硒纳米粒子的抗癌抗菌性能，同时介孔二氧化硅的引入大大提高了药物的负载量，并能使硒纳米粒子和其他化合物同时传送并发挥协同效应，大大增强了该复合结构的生物活性和应用效果，可在多种医药领域有广泛应用。