本发明提供了一种采样胶囊辅助工具，包括底座，包括底板、位于所述底板一侧的侧壁、由所述底板和所述侧壁围设形成的固定腔；抽取工具，包括套筒、位于所述套筒内且将所述套筒分割成第一套筒和第二套筒的分隔壁、位于所述第一套筒内的活塞、固定于所述分隔壁上的针头，所述活塞包括手持部、与所述手持部连接的活塞杆、连接于所述活塞杆上且与所述第一套筒的内壁相配合的密封塞，部分所述针头位于所述第二套筒内；其中，所述采样胶囊辅助工具具有所述抽取工具与所述底座相分离的第一状态、所述第二套筒与所述底座相配合以使得所述针头能够插入位于所述固定腔内的采样胶囊的第二状态。