本发明涉及一种应用于船舶废气利用系统的自适应控制器，包括模拟量单元和PLC控制系统；模拟量单元连接PLC控制系统的输入端，用于采集船舶主机输出功率、航行速度和主轴转矩信号；PLC控制系统的输出端连接气体分配器和海水分配器，将输出功率信号与设定功率作差得到主机输出功率误差和主机输出功率误差变化率，再基于模糊PID控制算法对PID控制参数进行自适应调整，使气体分配器调节进气量，海水分配器调节进水量，将微气泡发生器喷出流体的含气率调节至设定值。本发明利用模糊PID控制算法，将船舶主机产生的废气和舷外海水通过微气泡发生器实现综合利用，实时监测主机输出功率，利用模糊算法调节PID精确控制气‑液两相流的含气率。