本发明公开了一种水库调度及其下游河流生态环境保护的合作价值评估方法，在进行水库生态调度之前，使用Eckhardt滤波技术对初始方法进行改进，生成了日尺度生态基流；将水电站发电效益和生态学指标作为不同目标，建立了综合考虑发电、生态、航运过程的多目标优化模型；同时考虑水电站发电目标和生态目标之间的合作模式，设立了两个主体联盟的合作调度情景；并通过不同情景间的最优化计算成果以及在不同权重条件下的合作生态价值，来评价复杂水库系统进行合作生态调度对下游河道的生态价值。本发明通过评价复杂水库系统进行合作生态调度对下游河道的生态价值，建立了合作价值评估模型，为水库调度提供多维度理论依据。