本发明涉及一种防止船舶压载水溢流的方法，包括一个船舶压载水系统，其包括若干个压载舱、注水设备和排水设备，若干个压载舱均与注水设备连接，注水设备能够将船舶外部的海水注入至压载舱，排水设备设置于压载舱与注水设备之间，注水设备内的海水能够通过排水设备排至船舶的外部；给压载舱设定一个最大水位值和调节水位值，当压载舱内的实际水位达到调节水位值时，降低注水速度；当压载舱内的实际水位达到最大水位值时，注水设备内的海水通过排水设备排至外部；最后对压载舱的注水情况和实际吃水值进行检测。通过给压载舱设定两个水位值，注水时实际水位达到相应水位值时对注水速度进行调节和停止注水，避免因注水关闭不及时而发生溢流。