一种滤除心磁信号基线漂移的方法，包括：a)根据原始心磁信号选取移动平均滤波较合适的滤波窗口长度。移动平均对原序列有修匀或平滑的作用，使得原序列的上下波动被削弱；b)在该窗口长度下，利用移动平均滤波法对原始心磁信号进行平滑处理，得到第一次滤波处理后的基线；c)为防止质量过差的心磁信号在第一次滤波后的基线仍有突变波动区域，再一次对其进行中值滤波，得到第二次滤波后的基线；d)通过含有基线漂移噪声的原始心磁信号与光滑的基线漂移噪声计算得到消除基线漂移噪声的心磁信号，并对其进行低通滤波，以滤除高频噪声。本发明有效去除了原始信号中的基线漂移噪声，自动化程度较高，运行时间成本较低，提高了心磁信号信噪比。