本发明涉及一种P300脑机接口Chekerboard刺激序列生成方法。为了避免P300脑机接口中相邻行或相邻列刺激的不利影响，Chekerboard刺激方式生成一个内部字符矩阵，内部字符矩阵包含的字符集与展现矩阵相同，但字符在矩阵上的位置不同，在展现矩阵闪烁时被闪烁的字符取自内部字符矩阵的某一行或列。为了保证闪烁刺激的效果，内部字符矩阵的一行或一列字符在展现矩阵的位置应尽可能不同行同列。但是，一般的方法生成的内部字符矩阵效果不好。本发明把内部字符矩阵生成转化为了一个优化问题，设计了一个启发式算法来求解，算法得到的解即为内部字符矩阵。本发明的方法能够生成一个效果较好的内部字符矩阵。