本发明提供了一种吴茱萸加工设备及加工方法，加工设备包括微波加热机构、储物盒和用于将放置吴茱萸的储物盒输送向微波加热机构进行干燥并导出的第一传送机构，所述加工设备还包括设于第一传送机构输出端用于承接及传送吴茱萸的第二传送机构、用于将第一传送机构输出端的储物盒移动向第二传送机构且将储物盒内的吴茱萸倾倒于第二传送机构上的抓取翻转机构、用于接收及存储第二传送机构第一输出端导出的吴茱萸的的存储机构。本发明能够实现吴茱萸的流程化加工干燥及存储。并且根据需要可以调整输送方向，以便于预加热干燥后的吴茱萸直接输送向炒制机构，进而便于后续的炒制工序。