本发明涉及微机电惯性器件的配对筛选方法，包括：在每个设定采样环境条件下，处理器对各样本进行上电，根据预设采样次数、预设采样总时长、上电时间得到多个采样时刻；对每个器件ID的平均实测温度数据和第二上电零位平均输出值进行二次最小二乘法拟合处理，得到每个器件ID在温度节点下的上电零位拟合输出值；根据全部设定采样环境条件下的各个器件ID的上电零位拟合输出值得到对应的离散程度值，离散程度均值；根据上电零位离散程度值和离散程度均值的偏离量进行有效性筛选处理；对筛选为有效的样本的集合中的任意两个样本的实测温度数据和上电零位输出值进行一阶、二阶最小二乘法拟合处理，并根据拟合度确定有效的样本的集合中的配对样本。