本发明属于微生物采油技术领域，具体涉及一种中高渗透油藏微生物驱油提高采收率的方法，所述的方法包括以下步骤：油井停采和激活剂注入阶段，从试验油藏的注水井中注入激活剂，激活剂注入完成后注入地层水顶替液；油井停采和注水井停注阶段，顶替液注入完成后进入油井停采和注水井停注阶段，注入的激活剂激活试验油藏的功能微生物；注水井停注和油井开采阶段，油井停采和注水井停注阶段完成后进入注水井停注阶段，试验油藏的油井开井生产。本发明具有施工工艺简单、可操作性强、操作方便，投资成本低、现场试验效果好的优点，投入产出比大于1:10，提高采收率大于20％，因此推广与应用前景广阔。