本发明属于三次采油技术领域，涉及一种微生物驱油藏调控提高采收率的方法。该方法包括以下步骤：试验油藏调控指标的确定，调控指标包括小分子酸浓度、产甲烷菌菌浓和激活剂浓度；试验油藏调控轮次的确定，试验油藏调控轮次为2‑4轮，每轮次时间为12‑18个月；试验油藏检测方案的确定，包括检测的周期，检测的次数以及检测开始的时机；调控方案的确定，根据小分子酸浓度、产甲烷菌菌浓和激活剂浓度的检测结果，确定调控方案；现场实施及效果评价。本发明具有调控工艺简单，调控思路清晰、针对性强，调控效果显著等特点，现场试验提高采收率大于15％。