本发明属于油田开发技术领域，具体涉及一种利用微生物改变油藏润湿性提高油藏采收率的方法。该方法包括以下步骤：试验油藏的筛选，筛选标准包括试验油藏油相润湿接触角小于70°和油藏中存在改变润湿性微生物；激活剂初步筛选，初步筛选的方法为静态培养法，初步筛选的依据为改变润湿性微生物的菌浓；激活剂筛选，在初步筛选的基础进行激活剂筛选，筛选的方法采用物理模拟法，筛选依据为油相润湿接触角的改变程度；激活剂现场注入量的确定，注入量的确定采用物理模拟法，确定依据为油相润湿接触角的改变程度和提高采收率值。本发明具有工艺简单和现场试验效果好的特点，现场试验提高采收率大于20％，投入产出比大于1:15，有效期大于5年。